40cm Abweichung nur durch andere Munition ist ungewöhnlich.
Es ergibt Sinn, das alles einmal prüfen zu lassen.
Generell sollte eigentlich durch passende Montageunterteile das ZF halbwegs so von der Ausrichtung zum Lauf fluchten, dass man nicht an den Rand des Verstellbereichs kommt.
Bei einigen Waffen (insbesondere älteren Datums - 98er aus militärischer Fertigung z.B. bekommen den Ladewulst abgeschliffen und haben schon deshalb teils unterschiedliche Höhen hinten am System) gibt es aber Abweichungen, sodass man über die Anpassung der Montageteile arbeiten kann/ muss.
Insofern muss die Frage nach der Waffe und verwendeten Montage kommen, wenn man darauf antworten möchte, wo das Problem hier liegt und wie man es beheben kann.
Es ist nicht zwangsläufig ein Defekt und im Fall von z.B. einem 98er und Schwenkmontage kann man über die Höhe des hinteren Füßchens eine Anpassung relativ einfach vornehmen, sodass man aus dem Endpunkt des Verstellbereichs herauskommt - dies nur so als Beispiel.
Mehr kann man erst sagen, wenn Waffe plus Montage bekannt sind.